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アニメーションで歩いているキャラに手を上げさせたい場合、別途手を上げて歩いているアニメーションを作るといろいろと大変になってくるのでマスクするにはどうしたらいいのかなと思ったらMecanimにLayerという概念があった。
ちょっとテキトーなキャラを作って動かしてみたところできた。

Animator上でLayerを追加するとLayerの設定に、weightというのがあってこいつが他のレイヤーとの動きの重みとなっている。Maskというのは3Dオブジェクトのどの部分を指すかというオブジェクトでAssetsにCreate => Avatar Maskで作成できる。Humanoidの場合はパーツを選べばいいし、独自の3Dパーツであれば指定したAvatarからボーンの構造を選んで指定できる。Layerの設定に今回であれば右腕だけをマスクしたAvatar Maskを設定してweightを変えれば歩きながら右腕をあげる動きの完成。Blendingはマスクしたパーツの動きを上書きするかどうか(Override)、もしくは重ねるか(Additive)が選べる。Syncを選択すると選択したレイヤーと同じステートマシーンの構造が作られるので手をあげるでも、歩いている時走っているときなどで変えたい時にいいのかな。

参考）Unity | アニメーションレイヤー