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「Some objects were not cleaned up when closing the scene. (Did you spawn new GameObjects from OnDestroy?)」
というエラーが出て、再生を止めたのにインスタンスがシーンに残ってしまった。
どうやら再生を停止する際にもOnDestroy()が呼ばれそこでエラーが出てしまいDestroyされず残っているようでした。
今回の原因はシングルトンで扱っていたクラスにOnDestroy()でアクセスしていたため、先にシングルトンとして生成されていたオブジェクトが削除されたためにエラーが出ていたようでした。