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AnimatorController を生成する際に
Activator.CreateInstance(typeof(AnimatorController);
で作ってたら保存されなかったり、ステートの追加がうまくいかなかったりとハマってしまった。
AnimatorController.CreateAnimatorControllerAtPath();
こういう右クリックから作るのと同様にいろいろデフォルトの準備をしてくれる便利なのがあったのね。。