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Timeline を WrapMode:Hold など使って、その Timeline に Activation Track があった場合、Timeline 終了後に別の Timeline を流して、そこに同じオブジェクトの Activation Track があった場合に挙動がおかしくなることがあった。
トラックを選択して出てくるインスペクタ

今回の場合こちらを、Inactive にしてあげたら直った。